Après avoir débuté sa carrière dans le domaine baroque au sein des ensembles La Chapelle Royale de Paris et Les Arts Florissants, Emmanuel Bonnardot se distingue et se révèle pleinement dans le répertoire médiéval et Renaissance en tant que chanteur et instrumentiste (vièle à archet, rebec, crwth …). 

En solo, avec des enregistrements des oeuvres de Guillaume de Machaut et des trouvères qui font référence (Eloquentia, OPUS 111, Calliope) mais aussi, depuis 1993 à la tête de sa propre formation, l'ensemble vocal et instrumental Obsidienne, il poursuit sa recherche sur l'instrumentarium et les répertoires souvent inédits du Moyen Age et de la Renaissance. Depuis une vingtaine d'années, il travaille également aux côtés de Jean-Yves Haimoz sur la recherche et la pratique des techniques d'improvisations polyphoniques médiévales. Implanté en Bourgogne, il crée en janvier 2001 à Sens, ville de résidence d'Obsidienne, les « Fêtes de l'âne, festival des Arts » et en assure depuis la direction artistique. Co-fondateur et directeur du Centre de Musique Médiévale de Paris jusqu'en 1999, il enseigne lors de workshop et de master-classes en France (CNSM de Paris, CNR de Noisiel, Sorbonne …) et à l'étranger (Japon, Norvège, Suisse …).